Query (optional)   in Class  All Allele Author Colleague Collection Assembly Gene Gene Class Gene Product Germplasm Image Journal Keyword Library Locus Map Map Data Marker Pathology Polymorphism Probe Protein QTL Rearrangement Reference Sequence Species Trait Trait Study Two Point Data  

---

GrainGenes Sequence Report: X64100

[Submit comment/correction]

Sequence	X64100
External Databases	Data at GenBank Data at EMBL Data at DDBJ
DB Remark	Locus Source: Secale cereale (rye)
Keyword	dispersed repeat sequence R173 family retrotransposon-like
Species	Secale cereale
Chromosome	1 (short arm)
Clone Library	lambda EMBL3
Data Source	genbank Release 135, Apr 15 2003 genbank Downloaded 2008-2009
Title	S.cereale DNA for dispersed repeat sequence (R173-1).
Strain	Chinese Spring 1BL/1RS, 1AL/1RS, 1DL/1RS triple transloction from Rye
Probe	R173-1
Remark	DB_xref: taxon:4550 Feature: source: mol_type = 'genomic DNA'; Locus Comment: See also X64100-3.
EMBL Feature	repeat_unit 225 1021 long terminal repeat 1 Location: 225..1021 repeat_unit 5325 6121 long terminal repeat 2 Location: 5325..6121
DNA	gtcgactggtgaccaggccacggggggctacgtcggttggagccggatgc cagccatgctggccgggtccgcactggatctctgggatgggctcatcacc caaaccaatggcagccgtggcggccgggtcgcaccgagtccgggctcggc cggagtgcgactcgccgagtggcgaggaagctatgtgctgaagtttgccg ggtccgccaatgtgggtggagccggatcccatgatatttccccttcctct atgtattggattgatgtactcacttgtctttatctagtataatccccgag accaaggtgacagcggtctattggacatggattagaaaaatattttcatt agtgatttcctctcttgtgtgttgattgaagattgagagtctcttggtgc ttgtctttgactatcctttagatatgttgtggtgattgtgggactctctt tggatggccgcggtgacattgagaaatccttagattgagaactacgaact ttgaggtgtgcttttgtagccctacataattctcgtcctctcttgaccac gaaggaatgacctccgggtgcgtctccattgcatgttttatgggaaatat catgtgattcgattatgttaatgttgttgggagttgccactagttaaagt atgaaccctaggccttgtttccaccattgcaataccatttgtgctcacgt ttacgacttgtttgcttgctgcactttttattacagatttatattacttt gttttgacatccatatcacttgccatttaacatctcttcgccgaactagt gcacctatacatctaacaagtgtattaggtgtgttggggacacaagagac ttcttgtatcttagttgcagggttgcttgagagagaccatcttcaacctc tacttccctgagttcgataaaacttaggtcatccacttgagggaaattgc tgctgtcctacaaacctctgcgcttggaggcccaacatagtctacaagag tagaagcgtgtgtagacatcaagctatttctggcgccgttgccggggagg tgagtgcttgaaggtatatctttagatcttgcaattaaatctttttgttt cttgtttttattttcactagttttgcttaatggaaaacaacaaaaatatg agagagctttataagctctaccttgaacttggacatgatgtgttcgaaga gaaaattaaaaaacctttggaactttattatttgcataacaatcatgatg gtggtgatgttattagtatgtttttatttaatatcaatattgctaatgac atggaaagccctaagcttggggatgacacgtttgatgaacatgatatttt tagtcccccaacttttgagtagaaaatttactttgatgatactttgcctc ctatatatgatgattacaatgatgaatatgatatttccagtccacctact attgaggataaaatttattatgattatgatatgcctcctaaatacgatga ttaccatgatggttatgatagtcttactctcactattcctaataagaaag attttgcttatatgaagagtaatgacacttttatgcttttggatcatgga aataatgccttatgtgatagttatattgttgagttcatccatgatgccac tgaaatttataatgagagagggagacatggttctaaatatcttaataata agaagttttctctttttatggtgaatattttgaagttatgcttgttttgc cttcctatgctagttgctttgtgcttcaatgaattattctattgcaatat tcctatgcataggaagaatgttaggcttaaatgtatttggtatttgattc ttgatgctctcttttgttcttcaactcttattcctacgagagcataatta aagtcttaagcctatctttatggctataaagaaagagctctagggagaca acccttgttatctttgctttcagtttgttctttcagtttttagtggtctt gatgtttgttactatagtagcatcatcattgtatctttacttttcagctt tgtgccaagtgtagcctctgattgcaagaaagttcaaaagttgtgacgtg ctgtccaggaaacagattctgtccttggtagaaaaattggtataaaatca ccagatcatctttttggtctgaattttttcgacagcgtgctctatacaat tggctttcgggcgtctgttctgagtttttttatttgagttgcagaagtgc cccgaaaaaattatttactacctgctggtctgtttttcacagattctgtc ctgttttgcctttccttcattttgcaaaccttgagcttgctttttctttg caaaaaccttttggcaatcttgagaaacagtagaccttcaagaatatcct tatttccagcaaggaaaaattattttattaagggtaataacctcgctaat cagattatgatgagttatgtatgaagggagttttcaagtgtgcgagggaa gatgataaaaagaatcaggagtgtcaaacgctcaagcttggggatgcccc cgtgcacccccaagacatattcaagaagactcaagcgtctaagcttgggg atgcccccatgcatccccttctccatcaacaattatcagttcgtctttcg ttccactatatttttatcacttcatgtgttatgtgctatgcttggagcgt cttgcttttagtttcctttttagttttctttagctttgcttgctgttcat aacgagttggaacccagctttctttgtgtgggagagagacccgctccact tcaacctagaacataacatagaattttcatgtctatctttgctgtgtgtg ttctttgtctttcaatagctactatcatgttcagctcttagttttcatgc ttatctttttaaagagcttttgtttagttggtcgctggaactctctttat ttatcatgcttatcttattaagagagttggcttctgttgcattggttgat atgtctatgataaaaatgctatgtgcataatggtgcttagtagttcatgt tttcttatggttagtctcaaatagctggggggttctcaatgtgttattgg agtaccaacatgatttgtttgcctatgatgtggtatggtttagtgatatc ttccttcaagaatttattttgattgacttggcgtatgctcacgcatattt aagactgtaaagaaagtctatcaagccttgatgatctttaatttctgagt agcgatataacttccatgcctgattcaatgttgctttgtcgctctgcatg attatgaccgtcattgctcttttagttggtcgctcccagtcttttgctaa ccttcgcctgtactaagcggactgactgcttgtgcatccaaaatccttta aaccagttatgccatatgagtccaccataccttcctatacatggtattta cctgccattcctaacgaagactttcatgtaccatctcgaaattattcaaa aaaaagcatttctcttttgtgcctctattttagctcatgaggaagtaata gttaattcatgatctttttaagttggacaagcttcaccccgggattgcat gtctaatgtgcaaacccataatacgagaaggaactggcatagagtgcgcc cggctcattaaaaaattatacaacaaacaaaccctccttcacgctttgtt catgagaaatcagaaaactttggcagtgataaacaaaggagattaagagg ttgtgatcgtcctcattcgggagccgttcctcgaaacttgtccatctcaa gaagtgattgagttatctgctagcattcattgacggaacatgcataatct aaaaaaataattattacctctgtttttaaaaccaagagctctggtacatg ttttgtctttgtttccgaccacgggttttcaaccttgccaacaaaagcca cggttcgagagtctccaccttctttaaagcaccaactatttagagcatga ttgtcattctgagtgtaatgtgcattgtcccaaagtaccattgtcttttg catgattatgatatcgtttattctgaaatcattgtatctagtcgtcactt aaaccttggaggtgcccctgcatttatgttttgcttcactaaagggggca agcgagatatcactttgtcatatttgcacaccatgctcactacaaatcta tcgagtgtttcagtatcatattgtaaaactttcagttctttgtgattttc tcatgaggcaacttaattactacagattcattgtctcagtaagcacttgt catgtgactgtgaaaaattcttatatggttaatagcatgtcaccacagaa attatgcttgttatcatttacctactcgaggacgagcaggaattaagctt ggggatgttgatacgtccaaaacgtatctataatttctgcttgctccatg ccctttttgtgtgatatagctatgatatttatgcacttccatacactttt gatcatatttggactaacctactaatggttgaaaaagtgcacaatattct tgttttacactttattgtgtaggaattacttggaaattgacaaaaacgca aaaggagtcgtattggagtaggactctgactttcctgaaatctgtctgag aacgttttttaaagatggtcacgttccggcccgaagacgacgtcaaacgg aaaaagtctagttgcgaaagttgtggggaatttcgaggcgatgcttctgg atatacaattcgtccaaatcggagtccggtcgaccgagtaaagcccgttt tactgaggcccaaaatctgataacgggaatccgagagtctatataaagag aggaaacctaggtcaccaagggccacgaattttcctcctcccgagccgcc gtcttggaggggaggaccagcaccattgcagcaccatctacaaggaagaa ggggggccaaggggccgctgccccctaggaccgccgccgccccgagggcc gccgccgccgccgcgcccccaagcgccgccgccaccgcctccgtggttgc cgtcggccgtctcctcctcgcggggctgcacctctccatcaacaccatca tcaacctcctcctcaccatgtgcatgcgtgagtagtttcctccggggccg agggctcgtacgtgtagctatatggttatctctctctcccatgatgtgat cttcgttgtgatcataggctatgttaatctagggtgatcccatgatattt ccccttcctctatgtattggattgatgtactcacttgtctttatctagta taatccccgagaccaaggtgacagcggtctattggacatggattagaaaa atattttcatgagtgatttcctctcttgtgtgttgattgaagattgagag tctcttggtgcttgtctttgactatcctttagatatgttgtggtgattgt gggactctctttggatggccgcggtgacattgggaaatccttagattgag aactacgaactttgaggtgtgcttttgtagccctacataattctcgtcct ctcttgaccacgaaggaatgacctccgggtgcgtctccattgcatgtttt atgggaaatatcatgtgattcgattatgttaatgttgttgggagttgcca ctagtgaaagtatgaaccctaggccttgtttccaccattgcaataccatt tatgctcacgtttaccacttgtttgcttgctgcactttttattacagatt tatattactttgttttgccatccatatcacttgccatttaacatctcttc gccgaactagtgcacctatacatctaacaagtgtattaggtgtgttgggg acacaagagacttcttgtatcttagttgcaaggttgcttgagagagacca tcttcaacctctacttccctgagttcgataaaccttaggtcatccacttg agggaaattgctgctgtcctacaaacctctgcgcttggaggcccaacata gtctacaagagtagaagcgtctgtagacatcagggagtaatcatcacaac gcgactgccaagcgttcataacatcttggtttgccggggtgggagcgtca ctagcggtgcatctaggacataagttttcttggcagctatgaggatgatc ctcaggttacggacccagtccgtgtagttgctaccatcgtctttcagctt ggatttctctaggaacgcgttgaagttgagggtgacatgagcatgggcca tttgatctacaagagatattttaaagaatttagactaagttcatgataat taagttcatcttaatcaaattttaatgaactcccactcagattgacatct ctctagtcatctaagtgatacacgatccgaatcgactagcccgtgtccga tcatcacgtgagacggactagtcatcaacagtgaacatcttcatgttgat cgtatcttctatacgactcatgttcgacctttcggtcttccgtgttccga ggccatgtctgtacatgctaggctcgtcaagtgaaccctaagtgtattgc gcgtgtaaatctggcttacacccgttgtatgcgaacgttagaacctatca cacctgatcatcacgtggtgcttcggaacaacgatccttagcaacggtgc acagttagggggaacacaattcttga

GrainGenes is a product of the Agricultural Research Service of the US Department of Agriculture.