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GrainGenes Reference Report: NGN-51-885

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Reference	NGN-51-885
Title	Durum wheat genome highlights past domestication signatures and future improvement targets
Journal	Nature Genetics
Year	2019
Volume	51
Pages	885-895
Author	Maccaferri M [ Show all 68 ]
Abstract	The domestication of wild emmer wheat led to the selection of modern durum wheat, grown mainly for pasta production. We describe the 10.45 gigabase (Gb) assembly of the genome of durum wheat cultivar Svevo. The assembly enabled genome-wide genetic diversity analyses revealing the changes imposed by thousands of years of empirical selection and breeding. Regions exhibiting strong signatures of genetic divergence associated with domestication and breeding were widespread in the genome with several major diversity losses in the pericentromeric regions. A locus on chromosome 5B carries a gene encoding a metal transporter (TdHMA3-B1) with a non-functional variant causing high accumulation of cadmium in grain. The high-cadmium allele, widespread among durum cultivars but undetected in wild emmer accessions, increased in frequency from domesticated emmer to modern durum wheat. The rapid cloning of TdHMA3-B1 rescues a wild beneficial allele and demonstrates the practical use of the Svevo genome for wheat improvement.
Allele	TdHMA3-B1a TdHMA3-B1b
Gene	Cdu1 (Tdurum)
Locus	TRITD5Bv1G197370
Probe	Xusw59 TRITD5Bv1G197370
QTL	[ Hide all but 1 of 2113 ] QTL0001_CDC-Oladzad-Abbasabadi_et_al__2018 QTL0002_LR-Aoun_et_al__2016 QTL0003_LR-Aoun_et_al__2016 QTL0004_LR-Aoun_et_al__2016 QTL0005_LR-Aoun_et_al__2016 QTL0006_LR-Aoun_et_al__2016 QTL0007_LR-Aoun_et_al__2016 QTL0008_LR-Aoun_et_al__2016 QTL0009_LR-Aoun_et_al__2016 QTL0010_LR-Aoun_et_al__2016 QTL0011_LR-Aoun_et_al__2016 QTL0012_LR-Aoun_et_al__2016 QTL0013_LR-Aoun_et_al__2016 QTL0014_LR-Aoun_et_al__2016 QTL0015_LR-Aoun_et_al__2016 QTL0016_LR-Aoun_et_al__2016 QTL0017_LR-Aoun_et_al__2016 QTL0018_LR-Aoun_et_al__2016 QTL0019_LR-Aoun_et_al__2016 QTL0020_LR-Aoun_et_al__2016 QTL0021_LR-Aoun_et_al__2016 QTL0022_LR-Aoun_et_al__2016 QTL0023_LR-Aoun_et_al__2016 QTL0024_LR-Aoun_et_al__2016 QTL0025_LR-Aoun_et_al__2016 QTL0026_LR-Aoun_et_al__2016 QTL0027_LR-Aoun_et_al__2016 QTL0028_LR-Aoun_et_al__2016 QTL0029_LR-Aoun_et_al__2016 QTL0030_LR-Aoun_et_al__2016 QTL0031_LR-Aoun_et_al__2016 QTL0032_LR-Aoun_et_al__2016 QTL0033_LR-Aoun_et_al__2016 QTL0034_LR-Aoun_et_al__2016 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Summarized in	Wiebe K and Pozniak C MAS Wheat. Bringing Genomics to the Wheat Fields. Reduced cadmium concentration MAS Wheat. Marker Assisted Selection in Wheat.

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