Query (optional)   in Class  All Allele Author Colleague Collection Assembly Gene Gene Class Gene Product Germplasm Image Journal Keyword Library Locus Map Map Data Marker Pathology Polymorphism Probe Protein QTL Rearrangement Reference Sequence Species Trait Trait Study Two Point Data  

---

GrainGenes Reference Report: GGG-5-449

[Submit comment/correction]

Reference	GGG-5-449
Title	A Genome-Wide Association Study of Resistance to Stripe Rust (Puccinia striiformis f. sp. tritici) in a Worldwide Collection of Hexaploid Spring Wheat (Triticum aestivum L.)
Journal	G3: Genes, Genomes, Genetics
Year	2015
Volume	5
Pages	449-465
Author	Maccaferri M [ Show all 10 ]
Abstract	New races of Puccinia striiformis f. sp. tritici (Pst), the causal pathogen of wheat stripe rust, show high virulence to previously deployed resistance genes and are responsible for large yield losses worldwide. To identify new sources of resistance we performed a genome-wide association study (GWAS) using a worldwide collection of 1000 spring wheat accessions. Adult plants were evaluated under field conditions in six environments in the western United States, and seedlings were tested with four Pst races. A single-nucleotide polymorphism (SNP) Infinium 9K-assay provided 4585 SNPs suitable for GWAS. High correlations among environments and high heritabilities were observed for stripe rust infection type and severity. Greater levels of Pst resistance were observed in a subpopulation from Southern Asia than in other groups. GWAS identified 97 loci that were significant for at least three environments, including 10 with an experiment-wise adjusted Bonferroni probability < 0.10. These 10 quantitative trait loci (QTL) explained 15% of the phenotypic variation in infection type, a percentage that increased to 45% when all QTL were considered. Three of these 10 QTL were mapped far from previously identified Pst resistance genes and QTL, and likely represent new resistance loci. The other seven QTL mapped close to known resistance genes and allelism tests will be required to test their relationships. In summary, this study provides an integrated view of stripe rust resistance resources in spring wheat and identifies new resistance loci that will be useful to diversify the current set of resistance genes deployed to control this devastating disease.
External Databases	http://doi.org/10.1534/g3.114.014563
Gene	Yr78 (Triticum)
Germplasm	CItr12691 [ Show all 875 ]
Locus	[ Hide all but 1 of 1041 ] cos1Hb SBG_100232 SBG_100299 SBG_100367 SBG_100432 SBG_100573 SBG_100694 SBG_100700 SBG_101016 SBG_101224 SBG_101325 SBG_101409 SBG_101509 SBG_101514 SBG_101578 SBG_101772 SBG_101989 SBG_102171 SBG_102257 SBG_102302 SBG_102361 SBG_102416 SBG_102922 SBG_10299 SBG_103114 SBG_103160 SBG_103195 SBG_10350 SBG_103568 SBG_10358 SBG_103640 SBG_103716 SBG_103769 SBG_104132 SBG_104188 SBG_1042 SBG_104251 SBG_104345 SBG_10448 SBG_104506 SBG_105066 SBG_105085 SBG_105111 SBG_105214 SBG_105236 SBG_105308 SBG_105634 SBG_105746 SBG_105885 SBG_105957 SBG_105985 SBG_106244 SBG_106574 SBG_106730 SBG_10676 SBG_107025 SBG_107166 SBG_107195 SBG_107337 SBG_10737 SBG_10742 SBG_107473 SBG_107626 SBG_107971 SBG_108225 SBG_108270 SBG_108304 SBG_108428 SBG_108501 SBG_108674 SBG_108851 SBG_108942 SBG_108950 SBG_108956 SBG_10927 SBG_109299 SBG_109307 SBG_109528 SBG_109559 SBG_109663 SBG_109669 SBG_109782 SBG_109790 SBG_109908 SBG_109972 SBG_110088 SBG_110150 SBG_110304 SBG_110424 SBG_110454 SBG_110522 SBG_110587 SBG_110654 SBG_110788 SBG_110850 SBG_110974 SBG_110997 SBG_111024 SBG_111135 SBG_111333 SBG_111512 SBG_111979 SBG_111992 SBG_112043 SBG_112202 SBG_112259 SBG_112777 SBG_113069 SBG_113110 SBG_113206 SBG_113217 SBG_113249 SBG_113323 SBG_113366 SBG_113601 SBG_113634 SBG_113878 SBG_114128 SBG_114262 SBG_114287 SBG_114373 SBG_114403 SBG_114426 SBG_114521 SBG_114802 SBG_114849 SBG_114956 SBG_115053 SBG_115387 SBG_115405 SBG_115573 SBG_115767 SBG_115782 SBG_115919 SBG_11610 SBG_116219 SBG_116252 SBG_116288 SBG_116360 SBG_116368 SBG_116512 SBG_116547 SBG_116555 SBG_116710 SBG_116766 SBG_116771 SBG_116800 SBG_116810 SBG_116976 SBG_117188 SBG_117191 SBG_117464 SBG_117609 SBG_117642 SBG_117729 SBG_117777 SBG_117827 SBG_118004 SBG_118011 SBG_118200 SBG_118278 SBG_118357 SBG_118461 SBG_118509 SBG_118566 SBG_118811 SBG_118865 SBG_11928 SBG_119433 SBG_119593 SBG_119963 SBG_120058 SBG_120141 SBG_120264 SBG_120391 SBG_120501 SBG_120633 SBG_120660 SBG_12071 SBG_120737 SBG_120783 SBG_121016 SBG_12103 SBG_121215 SBG_121270 SBG_121321 SBG_121555 SBG_121706 SBG_121838 SBG_121850 SBG_121888 SBG_12191 SBG_121950 SBG_121998 SBG_122046 SBG_122152 SBG_122266 SBG_122453 SBG_122528 SBG_122540 SBG_122543 SBG_12277 SBG_122778 SBG_122867 SBG_123008 SBG_123322 SBG_123634 SBG_123644 SBG_123879 SBG_124175 SBG_124266 SBG_124316 SBG_124456 SBG_124479 SBG_124596 SBG_124605 SBG_124776 SBG_125077 SBG_125185 SBG_125438 SBG_125553 SBG_125624 SBG_12571 SBG_125757 SBG_125769 SBG_125810 SBG_125905 SBG_126137 SBG_126249 SBG_126373 SBG_126536 SBG_126690 SBG_127025 SBG_127144 SBG_127575 SBG_127671 SBG_12783 SBG_127892 SBG_128015 SBG_128050 SBG_128138 SBG_128368 SBG_128496 SBG_128732 SBG_128917 SBG_12901 SBG_129031 SBG_12923 SBG_129330 SBG_129602 SBG_129620 SBG_129665 SBG_129722 SBG_129768 SBG_129864 SBG_129924 SBG_130031 SBG_130114 SBG_130245 SBG_130348 SBG_130654 SBG_130827 SBG_130853 SBG_131011 SBG_131163 SBG_131359 SBG_131563 SBG_131628 SBG_131654 SBG_131737 SBG_131818 SBG_131943 SBG_132170 SBG_132230 SBG_132505 SBG_132528 SBG_132572 SBG_132657 SBG_132785 SBG_132864 SBG_13331 SBG_133320 SBG_133587 SBG_133816 SBG_133859 SBG_134205 SBG_134219 SBG_134552 SBG_134697 SBG_134906 SBG_134933 SBG_13497 SBG_135017 SBG_135246 SBG_135392 SBG_135652 SBG_135673 SBG_135833 SBG_135891 SBG_135937 SBG_136221 SBG_136521 SBG_136638 SBG_136704 SBG_136781 SBG_1369 SBG_137003 SBG_137140 SBG_137325 SBG_137466 SBG_137513 SBG_137576 SBG_137734 SBG_1378 SBG_137859 SBG_138112 SBG_138314 SBG_138335 SBG_138438 SBG_13864 SBG_138642 SBG_138658 SBG_138668 SBG_138739 SBG_138779 SBG_138819 SBG_138893 SBG_139186 SBG_139242 SBG_139325 SBG_139352 SBG_139433 SBG_139771 SBG_139982 SBG_1400 SBG_140004 SBG_140340 SBG_140343 SBG_140957 SBG_141016 SBG_141157 SBG_141325 SBG_141384 SBG_14148 SBG_141710 SBG_141715 SBG_141754 SBG_141826 SBG_141829 SBG_142040 SBG_142202 SBG_142223 SBG_142247 SBG_142278 SBG_142704 SBG_142921 SBG_143095 SBG_143241 SBG_143269 SBG_143292 SBG_143320 SBG_143478 SBG_143904 SBG_143982 SBG_1442 SBG_144210 SBG_14433 SBG_144359 SBG_144556 SBG_144642 SBG_144650 SBG_144659 SBG_144686 SBG_144806 SBG_144851 SBG_144910 SBG_144926 SBG_145081 SBG_145194 SBG_145229 SBG_145442 SBG_145540 SBG_145637 SBG_145785 SBG_146025 SBG_146044 SBG_146058 SBG_1467 SBG_146730 SBG_147135 SBG_147366 SBG_147556 SBG_147873 SBG_148211 SBG_148284 SBG_148294 SBG_148507 SBG_148646 SBG_149140 SBG_149225 SBG_149230 SBG_149304 SBG_149664 SBG_149787 SBG_149839 SBG_149891 SBG_150047 SBG_150163 SBG_150751 SBG_151003 SBG_151248 SBG_151259 SBG_151419 SBG_151610 SBG_151630 SBG_151974 SBG_152060 SBG_152594 SBG_152746 SBG_152783 SBG_153112 SBG_153423 SBG_153432 SBG_153576 SBG_153638 SBG_153740 SBG_153896 SBG_154051 SBG_154132 SBG_154166 SBG_154190 SBG_154403 SBG_154488 SBG_154607 SBG_154753 SBG_154832 SBG_154968 SBG_15497 SBG_155051 SBG_155121 SBG_155177 SBG_155232 SBG_155342 SBG_155590 SBG_155656 SBG_155732 SBG_155809 SBG_155884 SBG_155998 SBG_156072 SBG_156149 SBG_156219 SBG_156229 SBG_156407 SBG_156522 SBG_156866 SBG_157232 SBG_1573 SBG_157368 SBG_157494 SBG_157495 SBG_157518 SBG_157551 SBG_157589 SBG_157668 SBG_157852 SBG_157855 SBG_157861 SBG_158194 SBG_158252 SBG_158461 SBG_158636 SBG_158698 SBG_158748 SBG_158749 SBG_159102 SBG_159763 SBG_159765 SBG_159852 SBG_159951 SBG_160117 SBG_160389 SBG_160439 SBG_160482 SBG_16054 SBG_160850 SBG_161642 SBG_162034 SBG_162039 SBG_162127 SBG_162365 SBG_162448 SBG_162668 SBG_162782 SBG_162893 SBG_163054 SBG_163098 SBG_163235 SBG_163288 SBG_163370 SBG_163603 SBG_163677 SBG_163870 SBG_164030 SBG_164172 SBG_164222 SBG_164266 SBG_164305 SBG_164416 SBG_16449 SBG_164491 SBG_164626 SBG_164636 SBG_164734 SBG_164850 SBG_164870 SBG_165009 SBG_165039 SBG_165121 SBG_165387 SBG_16561 SBG_165718 SBG_165920 SBG_166068 SBG_166185 SBG_166253 SBG_166274 SBG_166416 SBG_166600 SBG_166981 SBG_167063 SBG_167413 SBG_167489 SBG_167781 SBG_167922 SBG_167933 SBG_167966 SBG_168143 SBG_168328 SBG_168356 SBG_168359 SBG_168377 SBG_168791 SBG_168806 SBG_168829 SBG_168896 SBG_169267 SBG_169281 SBG_169319 SBG_169531 SBG_169636 SBG_169798 SBG_169866 SBG_169965 SBG_169985 SBG_17031 SBG_170367 SBG_170371 SBG_170427 SBG_170560 SBG_170612 SBG_170944 SBG_170997 SBG_171006 SBG_171301 SBG_171482 SBG_171506 SBG_171602 SBG_17164 SBG_171876 SBG_171931 SBG_172038 SBG_172064 SBG_172110 SBG_172174 SBG_172400 SBG_172408 SBG_172453 SBG_173107 SBG_173217 SBG_173316 SBG_173782 SBG_174015 SBG_174201 SBG_174212 SBG_174223 SBG_174265 SBG_17429 SBG_174465 SBG_174531 SBG_174553 SBG_174607 SBG_174609 SBG_174807 SBG_175137 SBG_175258 SBG_175377 SBG_175565 SBG_175818 SBG_176112 SBG_176455 SBG_176459 SBG_176479 SBG_176594 SBG_176874 SBG_176882 SBG_177282 SBG_177315 SBG_177483 SBG_177527 SBG_177590 SBG_177633 SBG_177885 SBG_17791 SBG_177926 SBG_178011 SBG_178418 SBG_178548 SBG_178681 SBG_178777 SBG_178850 SBG_178960 SBG_179050 SBG_179052 SBG_179108 SBG_179555 SBG_179575 SBG_179821 SBG_179863 SBG_179882 SBG_180100 SBG_180115 SBG_180134 SBG_180224 SBG_180348 SBG_180413 SBG_180591 SBG_180662 SBG_1809 SBG_181151 SBG_181268 SBG_181303 SBG_181310 SBG_181314 SBG_181353 SBG_181507 SBG_181588 SBG_181692 SBG_181793 SBG_181940 SBG_182053 SBG_182378 SBG_182520 SBG_18282 SBG_183232 SBG_183328 SBG_183429 SBG_183662 SBG_183826 SBG_183904 SBG_184032 SBG_184082 SBG_184444 SBG_184481 SBG_184666 SBG_184746 SBG_184794 SBG_185070 SBG_185115 SBG_18521 SBG_18538 SBG_185442 SBG_185567 SBG_18572 SBG_186013 SBG_186566 SBG_186685 SBG_186691 SBG_186716 SBG_186741 SBG_186806 SBG_186868 SBG_186918 SBG_187064 SBG_187181 SBG_187185 SBG_187300 SBG_187385 SBG_187492 SBG_187568 SBG_187576 SBG_187600 SBG_187625 SBG_187778 SBG_187955 SBG_188017 SBG_188569 SBG_188626 SBG_188710 SBG_188726 SBG_188821 SBG_188844 SBG_1890 SBG_189248 SBG_189445 SBG_189621 SBG_1897 SBG_189795 SBG_189823 SBG_190211 SBG_190568 SBG_190590 SBG_190604 SBG_190739 SBG_190750 SBG_191075 SBG_191095 SBG_191622 SBG_191760 SBG_191771 SBG_192099 SBG_192148 SBG_192343 SBG_192345 SBG_192385 SBG_192490 SBG_192605 SBG_192637 SBG_192726 SBG_192873 SBG_193016 SBG_193051 SBG_193086 SBG_193428 SBG_1935 SBG_193510 SBG_193668 SBG_193673 SBG_193708 SBG_194122 SBG_194142 SBG_194463 SBG_194474 SBG_194962 SBG_195118 SBG_195314 SBG_195318 SBG_195873 SBG_196024 SBG_197053 SBG_197399 SBG_20178 SBG_20327 SBG_2041 SBG_2086 SBG_21589 SBG_21726 SBG_22639 SBG_22840 SBG_22995 SBG_2523 SBG_2527 SBG_2551 SBG_25514 SBG_25637 SBG_2608 SBG_26357 SBG_26424 SBG_2644 SBG_2690 SBG_27062 SBG_27115 SBG_2742 SBG_2800 SBG_28302 SBG_28900 SBG_2906 SBG_2969 SBG_2978 SBG_30611 SBG_30615 SBG_3088 SBG_33051 SBG_33604 SBG_3392 SBG_3476 SBG_3525 SBG_3542 SBG_35512 SBG_3574 SBG_3626 SBG_3685 SBG_36860 SBG_37309 SBG_3771 SBG_4052 SBG_41309 SBG_41867 SBG_4236 SBG_4243 SBG_4244 SBG_4615 SBG_4687 SBG_4741 SBG_48262 SBG_4836 SBG_4881 SBG_49586 SBG_50784 SBG_50847 SBG_51695 SBG_5172 SBG_51885 SBG_5196 SBG_52452 SBG_5253 SBG_5297 SBG_5305 SBG_53550 SBG_5384 SBG_5588 SBG_5697 SBG_57327 SBG_57487 SBG_5839 SBG_58903 SBG_59197 SBG_60205 SBG_60569 SBG_61576 SBG_6178 SBG_6182 SBG_6303 SBG_63120 SBG_6340 SBG_64173 SBG_65124 SBG_65591 SBG_6643 SBG_66520 SBG_67122 SBG_67392 SBG_67394 SBG_67397 SBG_67513 SBG_67519 SBG_67549 SBG_68513 SBG_6881 SBG_68950 SBG_69159 SBG_69333 SBG_6952 SBG_69721 SBG_69853 SBG_69856 SBG_69928 SBG_70043 SBG_70118 SBG_70486 SBG_70559 SBG_70578 SBG_7070 SBG_71001 SBG_71524 SBG_71668 SBG_71747 SBG_71993 SBG_72052 SBG_72540 SBG_72858 SBG_7321 SBG_7341 SBG_73453 SBG_7358 SBG_73640 SBG_73738 SBG_74019 SBG_74271 SBG_74533 SBG_7454 SBG_74732 SBG_75415 SBG_7632 SBG_76558 SBG_76573 SBG_76588 SBG_77062 SBG_77317 SBG_77359 SBG_77578 SBG_7828 SBG_78350 SBG_78624 SBG_78655 SBG_79280 SBG_7960 SBG_79614 SBG_79630 SBG_79933 SBG_80052 SBG_80067 SBG_80237 SBG_80354 SBG_80388 SBG_8095 SBG_81074 SBG_81375 SBG_81486 SBG_816 SBG_81635 SBG_81638 SBG_81691 SBG_8223 SBG_83032 SBG_83237 SBG_83686 SBG_84895 SBG_85582 SBG_85693 SBG_85746 SBG_86088 SBG_86124 SBG_86356 SBG_86453 SBG_8648 SBG_86596 SBG_86680 SBG_8673 SBG_86759 SBG_87039 SBG_87105 SBG_87168 SBG_87306 SBG_87414 SBG_87606 SBG_87690 SBG_88057 SBG_88068 SBG_88098 SBG_88102 SBG_88221 SBG_88224 SBG_88262 SBG_88473 SBG_88923 SBG_89095 SBG_89397 SBG_8948 SBG_89513 SBG_89520 SBG_89571 SBG_89577 SBG_89675 SBG_89726 SBG_89773 SBG_89794 SBG_9001 SBG_90114 SBG_90262 SBG_90280 SBG_90508 SBG_90791 SBG_90891 SBG_90905 SBG_9103 SBG_91121 SBG_91166 SBG_9136 SBG_91384 SBG_91504 SBG_91663 SBG_92133 SBG_92240 SBG_92297 SBG_92431 SBG_92492 SBG_92624 SBG_92627 SBG_92740 SBG_92818 SBG_92854 SBG_93058 SBG_9376 SBG_93934 SBG_94135 SBG_94680 SBG_94754 SBG_94790 SBG_94882 SBG_95061 SBG_95292 SBG_95371 SBG_95390 SBG_95618 SBG_95711 SBG_95878 SBG_96071 SBG_96172 SBG_96317 SBG_96338 SBG_96402 SBG_96437 SBG_96460 SBG_96521 SBG_96665 SBG_96889 SBG_96899 SBG_97142 SBG_97177 SBG_97521 SBG_97583 SBG_97791 SBG_97855 SBG_98016 SBG_98037 SBG_98085 SBG_98094 SBG_98253 SBG_98344 SBG_98376 SBG_98452 SBG_98453 SBG_9849 SBG_98578 SBG_98706 SBG_98961 SBG_99055 SBG_99065 SBG_992 SBG_99311 SBG_99447 SBG_99579 SBG_9960 SBG_9965 SBG_99820 SBG_99995 SNPPMOp1138764/28 SNPPMOp1286622/25 SNPPMOp1293165/14 SNPPMOp157615/40
Map Data	Wheat, Yr genes and QTL Wheat, Yr Update, 2021
QTL	QYr.ucw-1B [ Show all 87 ]
Keyword	association mapping bread wheat disease resistance genetic map yellow rust

GrainGenes is a product of the Agricultural Research Service of the US Department of Agriculture.