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GrainGenes Reference Report: TAG-123-143

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Reference	TAG-123-143
Title	Mapping and validation of QTL which confer partial resistance to broadly virulent post-2000 North American races of stripe rust in hexaploid wheat
Journal	Theoretical and Applied Genetics
Year	2011
Volume	123
Pages	143-157
Author	Lowe I Jankuloski L Chao SM Dubcovsky J
Abstract	A mapping population of 186 recombinant inbred lines developed from a cross between UC1110, an adapted California spring wheat, and PI610750, a synthetic derivative from CIMMYT's Wide Cross Program, was evaluated for its response to current California races of stripe rust (Puccinia striiformis f. sp. tritici) in replicated field trials over four seasons (2007-2010) in the northern Sacramento Valley. A genetic map was constructed consisting of 1,494 polymorphic probes (SSRs, DArTs, and ESTs) mapped to 558 unique loci, and QTL analysis revealed the presence of four stripe rust resistance QTL segregating in this population, two from UC1110 (on chromosomes 3BS and 2BS) and two from PI610750 (5AL and 2AS). The two QTL of largest effects (on 3BS and 5AL) were validated in independent populations and their intervals narrowed to 2.5 and 5.3 cM, respectively. The 3BS QTL was shown, by allelism test and genotype, to carry a gene different from the Yr30/Sr2 complex. Mapped position also suggests that the 3BS QTL is associated with a gene different from either Yrns-B1 or YrRub, two stripe rust resistance genes mapped to this region in other studies. The 5AL QTL carries a previously unreported partial stripe rust resistance gene, designated here as Yr48. This paper discusses the individual contributions to resistance of these four QTL, their epistatic interactions, and their potential in durable resistance breeding strategies based on combinations of partial resistance genes.
External Databases	PubMed: 21455722
Gene	Sr2 (Triticum) Yr48 (Triticum)
Locus	[ Hide all but 1 of 1744 ] Yr48 wPt-9317 wPt-0196 wPt-2527 wPt-7281 wPt-8770 wPt-1167 wPt-5876 wPt-6280 wPt-4676 wPt-3870 wPt-4666 wPt-6122 wPt-2150 tPt-5413 wPt-1418 wPt-4735 wPt-7346 wPt-3560 tPt-8831 wPt-1862 wPt-0527 wPt-1873 wPt-2384 wPt-6139 wPt-1906 wPt-2872 barc148 wPt-9429 gwm357 wPt-4765 wPt-7030 wPt-8347 gwm135 wPt-6074 wPt-4801 umn19 wPt-9757 cfa2129 cfa2219 wPt-0128 wPt-2868 wPt-5927 wPt-7339 wPt-0767 wPt-4408 wPt-5660 wPt-9938 wPt-2812 wPt-4658 wPt-5316 wPt-5367 wmc59 wPt-5577 wPt-8245 wPt-1011 wPt-6853 tPt-1419 tPt-7724 wPt-0164 wPt-0769 wPt-1010 wPt-2406 wPt-2497 wPt-2976 wPt-3712 wPt-3934 wPt-4709 wPt-5274 wPt-6274 wPt-6754 wPt-8644 wPt-9985 wPt-10944 wPt-5160 wPt-6005 wPt-7147 wPt-0432 wPt-4065 wPt-0258 barc17 tPt-6091 wPt-1672 wPt-1786 wPt-1363 barc8 rPt-2040 tPt-1772 tPt-5080 wPt-0170 wPt-0320 wPt-0328 wPt-0359 wPt-0655 wPt-0664 wPt-0725 wPt-0729 wPt-0831 wPt-1025 wPt-1116 wPt-1139 wPt-1176 wPt-1238 wPt-1251 wPt-1328 wPt-1346 wPt-1521 wPt-1568 wPt-1613 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Map Data	Wheat, UC1110 x PI610750
Probe	SNF-A2 BE495011 CFA2149
QTL	QYr.ucw-2A_PI610750 QYr.ucw-2B_UC1110 QYr.ucw-3BS_UC1110 QYr.ucw-5AL_PI610750 Yr48
Summarized in	Hegarty J et al. MAS Wheat. Bringing Genomics to the Wheat Fields. Disease Resistance. Stripe Rust Resistance. Yr48 MAS Wheat. Marker Assisted Selection in Wheat.

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