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GrainGenes Reference Report: TAG-117-181

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Reference	TAG-117-181
Title	A high-density intervarietal map of the wheat genome enriched with markers derived from expressed sequence tags.
Journal	Theoretical and Applied Genetics
Year	2008
Volume	117
Pages	181-189
Author	Xue S [ Show all 15 ]
Abstract	Bread wheat (Triticum aestivum L.) is a hexaploid species with a large and complex genome. A reference genetic marker map, namely the International Triticeae Mapping Initiative (ITMI) map, has been constructed with the recombinant inbred line population derived from a cross involving a synthetic line. But it is not sufficient for a full understanding of the wheat genome under artificial selection without comparing it with intervarietal maps. Using an intervarietal mapping population derived by crossing Nanda2419 and Wangshuibai, we constructed a high-density genetic map of wheat. The total map length was 4,223.1 cM, comprising 887 loci, 345 of which were detected by markers derived from expressed sequence tags (ESTs). Two-thirds of the high marker density blocks were present in interstitial and telomeric regions. The map covered, mostly with the EST-derived markers, approximately 158 cM of telomeric regions absent in the ITMI map. The regions of low marker density were largely conserved among cultivars and between homoeologous subgenomes. The loci showing skewed segregation displayed a clustered distribution along chromosomes and some of the segregation distortion regions (SDR) are conserved in different mapping populations. This map enriched with EST-derived markers is important for structure and function analysis of wheat genome as well as in wheat gene mapping, cloning, and breeding programs.
External Databases	http://dx.doi.org/10.1007/s00122-008-0764-9
Map Data	Wheat, Nanda2419 x Wangshuibai
Probe	[ Hide all but 1 of 2548 ] MAG1884 MAG1022 MAG3056 MAG834 MAG3489 MAG3784 MAG3124 MAG1362 MAG3406 MAG2064 MAG479 MAG3030 MAG322 MAG1569 MAG972 MAG3185 MAG2282 MAG2137 MAG1348 MAG976 MAG3229 MAG3227 MAG4271 MAG3911 MAG3253 MAG1149 MAG3197 MAG2150 MAG1217 MAG1730 MAG3579 MAG1811 MAG3080 MAG3807 MAG3930 MAG681 MAG2955 MAG3996 MAG3976 MAG1219 MAG464 MAG3698 MAG2954 MAG2090 MAG3635 MAG1484 MAG1367 MAG1221 MAG4094 MAG3319 MAG3425 MAG1729 MAG4281 MAG3512 MAG3478 MAG956 MAG787 MAG981 MAG893 MAG1441 MAG3798 MAG277 MAG3596 MAG3947 MAG2956 MAG1280 MAG1241 MAG1713 MAG4355 MAG906 MAG3240 MAG3316 MAG1109 MAG548 MAG4059 MAG299 MAG4089 MAG3385 MAG633 MAG3616 MAG2120 MAG542 MAG912 MAG905 MAG4305 MAG620 MAG2134 MAG1716 MAG3082 MAG4365 MAG557 MAG4194 MAG2077 MAG3965 MAG2900 MAG615 MAG896 MAG2095 MAG501 MAG1166 MAG3597 MAG974 MAG987 MAG3459 MAG574 MAG3492 MAG3113 MAG3356 MAG2916 MAG4137 MAG1415 MAG980 MAG500 MAG4099 MAG1353 MAG3886 MAG3733 MAG1140 MAG2931 MAG1159 MAG3092 MAG3273 MAG1604 MAG1576 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